تعاونت جامعة أبو بكر إبراهيم الدولية مع مجموعة من الجامعات والجهات والمراكز ومنها:
- جامعة عثمان بن فوديو – نيجيريا.
- جامعة دنقلا – السودان.
- جامعة العلا للدراسات الإسلامية والعربية – القاهرة.
- الأكاديمية الدولية لعلوم الطب التكاملي – بريطانيا.
- منظمة التربية الخيرية.
- معهد الخرطوم الدولي للغة العربية.